Музеї відіграють важливу роль у суспільстві. Вони відображають рівень культури, духовності, бережуть традиції цілих поколінь. У період воєнного стану музеї стали форпостами на захисті національної ідентичності і державності. Тому рф цілеспрямовано знищує їх, а значить, і культуру, і народ, і історію держави.
Організація музею в Охтирці була омріяною і відповідальною справою охтирської інтелігенції 20-х років ХХ століття.
14 жовтня 1920 року в місті при повітовому відділі народної освіти, очільником якого в той час був Борис Дмитрович Антоненко-Давидович (пізніше відомий український письменник-дисидент), заснований комітет по охороні пам’яток старовини. Комітет розгорнув активну діяльність з виявлення, збору й охорони пам’яток матеріальної культури, мистецтва, архівів. За рік діяльності комітету було зібрано близько 350 предметів, які становили історичну та художню цінність. У 1921 році відкрито музей, який одержав назву «Музей мистецтва, старовини та історико-етнографічний» і знаходився в приватному будинку. З 1924 року музей став постійно діючим, де працювало три відділи: чистого мистецтва, прикладного мистецтва і старовини з підвідділами – археології, історії, етнографії.
До 1928 року ентузіасти музейної справи вели активну пошукову роботу, ними були вжиті заходи щодо охорони пам’яток історії та культури, розпочалися археологічні розкопки на Охтирщині. У журналі «Краєзнавство» Українського комітету краєзнавства за 1928 рік директор Охтирського музею Михайло Горват у статті «Організація Охтирського краєзнавчого музею» повідомляє про роботу активістів-педагогів та краєзнавців міста щодо створення музею, надає перелік зібраних музейних предметів.
В Охтирському краєзнавчому музеї поруч із археологічною колекцією, історичною (картини, документи, фотографії й різні предмети), етнографічною (головним чином зразки вишивки та різьбярства), були розгорнуті такі експозиції: колекція з бджільництва, флора рідного краю, насінництво, скотарство, досвід сільського господарства, полеводство, землеустрій тощо.
У 1940-х роках краєзнавчий музей знаходився у Графській церкві. Під час окупації міста музейні предмети перебували у Покровському соборі.
Наприкінці 1940-х років експонати були перенесені до Районного Будинку культури, оскільки у музею не було свого приміщення. На початку 1950-х років музею було виділено будинок по вул. Незалежності, 10.
У 1995 році з реорганізацією філіалу Сумського краєзнавчого музею в Охтирський міський краєзнавчий музей заклад було прийнято на баланс Охтирської міської ради.
До повномаштабного вторгнення у музеї працювали для відвідувачів три експозиційних зали «Природа рідного краю», «Історія міста Охтирка» (з етнографічним відділом), «Охтирка в окупаційний період 1941-1943рр.», три постійнодіючих виставки, дві виставкових зали.
Комунальний заклад «Охтирський міський краєзнавчий музей» – перший серед музеїв України, який зазнав руйнувань внаслідок військової агресії росії.
У ніч з 7 на 8 березня 2022 року будинок Охтирського міського краєзнавчого музею, який є памʼяткою архітектури місцевого значення кінця ХІХ століття, зазнав руйнувань від вибухових хвиль чотирьох авіабомб. Пошкоджені дах, вікна, двері, міжповерхові перекриття.
Нині будинок музею законсервований за грантової підтримки проєкту «Підготовка музею до зимового періоду 2022-2023 рр. невідкладні протиаварійні заходи із поточного ремонту (покрівля, вікна, двері, огорожа) від Світового фонду пам’яток World Monument Fund (WMF), Cultural Emergenct Respond (CER), Міністерство закордонних справ Нідерландів.
У 2023 році реалізовано грантовий проєкт «Термінова стабілізація та реставрація підвалу Охтирського краєзнавчого музею в Охтирці Сумської області, Україна» за підтримки Світового фонду пам’яток World Monument Fund (WMF), Cultural Emergenct Respond (CER). У підвальному приміщенні музею організовано «Мистецький простір», створено умови для організації виставкової роботи під час воєнного стану.
Цей проєкт посилив віру охтирчан у відродження музейної справи у місті-герої України Охтирці.